Secuencia peptídica
Una secuencia peptídica designa el orden preciso en que se encadenan los aminoácidos para formar un péptido. Por convención universal, se lee del extremo N-terminal (amina libre) al extremo C-terminal (carboxilo libre) y se escribe con el código de tres letras (Gly-Ala-Pro) o con el código de una letra (GAP). Esta secuencia es la estructura primaria del péptido: contiene toda la información necesaria para predecir, modular y comprender su comportamiento biológico.
El papel de la secuencia es determinante. Según el principio de Anfinsen, la estructura tridimensional de un péptido o de una proteína está enteramente codificada en su secuencia primaria. El orden de los residuos rige las interacciones intramoleculares (enlaces de hidrógeno, interacciones hidrofóbicas, puentes disulfuro, puentes salinos) que dictan el plegamiento en hélice alfa, lámina beta, giro o conformación desordenada. Una sola sustitución puede tener consecuencias importantes: la mutación Val → Glu en la posición 6 de la hemoglobina beta provoca la anemia falciforme, y cambiar Lys → Arg en un péptido puede duplicar su afinidad por el receptor.
En la práctica, se distinguen tres niveles de información dentro de una secuencia. El motivo de reconocimiento (RGD para las integrinas, GxxxG para las hélices transmembrana) identifica las secuencias funcionales críticas — es el "farmacóforo" del péptido. Los residuos estructurales (prolinas para romper hélices, glicinas para la flexibilidad, cisteínas para los puentes disulfuro) estabilizan la geometría 3D. Los residuos accesorios modulan las propiedades fisicoquímicas sin intervenir directamente en la actividad.
La comparación de secuencias entre péptidos homólogos revela los residuos conservados: son casi sistemáticamente esenciales para la función. Por ejemplo, la familia del GLP-1 comparte una arquitectura N-terminal conservada (His1-Ala2-Glu3-Gly4) indispensable para la unión al receptor. Los agonistas sintéticos (semaglutida, liraglutida, tirzepatida) introducen sustituciones estratégicas en esta secuencia ancestral (Aib en la posición 2, K26 acilada) que prolongan la semivida sin abolir el reconocimiento.
Para el analista, la verificación de la secuencia es una etapa crucial. La espectrometría de masas en tándem (MS/MS), combinada con la secuenciación N-terminal de Edman, reconstruye la secuencia real de un lote de producción. Cualquier anomalía (aminoácido ausente, sustitución no deseada, desamidación Asn → Asp, isomerización D/L) es detectable con este enfoque y figura en el certificado de análisis (COA). Un péptido de investigación de calidad presenta una conformidad de secuencia del 100% respecto al diseño teórico, una pureza HPLC >95% y una masa molecular confirmada por MS.